Na etapie kontroli projektów przez instytucje udzielające dotacji, mogą pojawiać się problemy beneficjentów wynikające z nieprawidłowości wykrywanych w końcowej fazie realizacji projektu.  Zwykle dotyczą beneficjentów, którzy samodzielnie realizują swoje projekty bez wsparcia firm doradczych. Konsekwencją wykrycia nieprawidłowości w projekcie jest konieczność zwrotu części lub całości dotacji wraz z odsetkami.